สำนักงานสรรพสามิตภาคที่ 6 เดิมเป็นสำนักงานสรรพสามิตเขต 6 ตามพระราชกฤษฎีกา แบ่งท้องที่ของกรมสรรพสามิต กระทรวงการคลัง สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2513 ลักษณะอาคารเป็นตึกชั้นเดียว ตั้งอยู่ที่ ถนนพุทธบูชา ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก

                                  ต่อมาในปี พ.ศ. 2537 ได้ย้ายสำนักงานสรรพสามิตเขต 6 มาตั้งอยู่ที่ 104/80 ถนน ประชาอุทิศ ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก ลักษณะเป็นอาคาร  2 ชั้น ในพื้นที่ 1,020  ตารางเมตร  โดยชั้นแรกเป็นของสำนักงานสรรพสามิตพื้นที่พิษณุโลก   และสรรพสามิตพื้นที่พิษณุโลกสาขาเมือง ชั้นบนเป็นที่ตั้งของสำนักงานสรรพสามิตเขต 6

                                 ต่อมาเมื่อวันที่  15 กรกฎาคม 2539 ได้มีพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการใหม่ ได้กำหนดให้สำนักงานสรรพสามิตเขต 6  เปลี่ยนเป็น สำนักงานสรรพสามิตภาคที่  6  ซึ่งประกอบไปด้วย  1 ฝ่าย  4  ส่วน  ได้แก่  ฝ่ายอำนวยการ ส่วนเทคโนโลยีสารสนเทศ  ส่วนบริหารการจัดเก็บภาษี ส่วนกฎหมาย และส่วนตรวจสอบป้องกันและปราบปราม

มีหน้าที่กำกับดูแลและให้คำปรึกษา   ด้านการปฏิบัติงาน ข้อกฎหมายต่าง ๆ    แก่สำนักงานสรรพสามิตพื้นที่  8  พิ้นที่  ได้แก่  สำนักงานสรรพสามิตพื้นที่กำแพงเพชร พิษณุโลก เพชรบูรณ์ พิจิตร สุโขทัย ตาก นครสวรรค์ และอุทัยธานี